14 сентября 2015 г. Архивные данные и материалы следствия подтверждают, что останки, хранящиеся в настоящее время в Государственном архиве Российской Федерации, действительно принадлежат детям Николая II - цесаревичу Алексею и великой княжне Марии. Об этом говорится в исторической справке об обстоятельствах сокрытия и обнаружения останков Алексея и Марии Романовых. Документ опубликован на сайте Правительства России.
«Анализ архивных источников в совокупности с данными, полученными в ходе предыдущих следственных действий, подтверждает вывод о том, что хранящиеся в настоящее время в Государственном архиве РФ останки действительно принадлежат детям последнего российского императора Николая II - цесаревичу Алексею Николаевичу и великой княжне Марии Николаевне. За все годы работы никаких иных документальных материалов, которые могли бы опровергнуть сделанные следствием и правительственной комиссией выводы, обнаружено не было», - сказано в справке, подписанной главой Росархива Андреем Артизовым, директором ГА РФ Сергеем Мироненко, директором Института российской истории РАН Юрием Петровым, начальником управления регистрации и архивных фондов ФСБ Василием Христофоровым и другими историками.
В документе отмечается, что правительственной комиссии, работавшей в 1990-е годы, «не удалось найти документальное подтверждение версии, что казнь царя была совершена по прямому письменному указанию В.И. Ленина». В справке также говорится, что многие архивы, связанные с казнью царской семьи, были утрачены, однако были тщательно изучены все выявленные документы, включая бывший архив Политбюро ЦК КПСС, Российский государственный архив новейшей истории, Центральный архив ФСБ и другие.
На заседании межведомственной рабочей группы, проведенной 11 сентября заместителем председателя Правительства Сергеем Приходько, были обсуждены вопросы, связанные с исследованием и перезахоронением останков царских детей и сценарием проведения церемонии.
В связи с обращением Русской православной церкви Следственному комитету Российской Федерации, ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздрава России, Институту общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН поручено представить предложения по проведению дополнительных исследований. Эксперты подчеркнули, что в случае необходимости разрешения тех или иных исторических вопросов возможен дополнительный генетический анализ образцов костных останков захоронений и анализ образцов ближайших родственников.
На заседании было решено предложить Правительству Российской Федерации провести церемонию захоронения останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии Романовых 18 октября 2015 года в Екатерининском приделе в Петропавловском соборе Петропавловской крепости в Санкт-Петербурге. На церемонию предлагается пригласить представителей семьи Романовых.